がんの分布

2019年1月17日,厚労省のがん登録に2016年速報(PDF)が掲載された(厚労省の新着情報にはまだ掲載されていない)。例によって,データを抽出しにくいPDFでのデータ公開だ。とりあえず上皮内がんを除く全部位の都道府県データをCSV化した gansokuhou2016.csv を置いておく(UTF-8,行末LF)。都道府県ごとの年齢調整罹患率(日本人口,総数)を色で表す(がんが多い県ほど赤,少ない県ほど青):

data = read.csv("https://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/stat/data/gansokuhou2016.csv", fileEncoding="UTF-8")
x = data$年齢調整罹患率日本総数[2:48]
x = (x - min(x)) / (max(x) - min(x))
cols = colorRamp(c("#0080ff","white","#ff8000"))
library(NipponMap)
JapanPrefMap(col=rgb(cols(x)/255))
がん年齢調整罹患率

(続く)