COVID-19

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番外編1番外編2も参考になるかもしれません。もう変化のないクルーズ船ダイヤモンド・プリンセス号は別ページにしました。

はじめに

日本では「新型コロナウイルス感染症」と呼ばれている COVID-19(コービッド・ナインティーン)についての最新のデータを収集し,Python でグラフにする。COVID-19 は病名で,ウイルス名は当初 2019-nCoV と呼ばれたが現在は SARS-CoV-2(サーズ・シーオーブイ・ツー)が公式名である。

Python コードの繰返し現れる部分は省略してあるところがある。完全なコードデータも置いてある(頭に COVID が付いているファイル)。GitHub にも同じものを置いている。例えばデータは これ

WHOの日報

更新を止めました。→アーカイブ

新しいダッシュボードのデータは page-data.json にある。日々のデータは WHO-COVID-19-global-data.csv にある。

CSSEのデータ

Johns Hopkins 大学の Center for Systems Science and Engineering (CSSE) は Coronavirus COVID-19 Global Cases by Johns Hopkins CSSE という COVID-19 可視化サイトを早くから立ち上げている。データについては GitHub の 2019 Novel Coronavirus COVID-19 (2019-nCoV) Data Repository by Johns Hopkins CSSE で公開している。そのデータのプロット例を番外編1の後半で示した。最新の図をこちらにも載せておく。まずは確定数。黒丸マーカーを付けたものが日本である。

COVID-19

差分(つまり1日ごとの増分)最終日の7位まで+日本:

COVID-19

死亡数:

COVID-19

差分(つまり1日ごとの増分)最終日の7位まで+日本:

COVID-19

厚労省のデータ

厚労省はCOVID-19関係のデータをオープンデータとして公開するようになった。PCR検査陽性者数・実施人数は厚労省のページにグラフがあるが,独自に描いたものを以下に挙げておく。なお,以前ここにあったものはCOVID-19についての厚労省の(ほぼ)日報(アーカイブ)に移した。

import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.dates as mdates
import pandas as pd

df = pd.read_csv("https://www.mhlw.go.jp/content/pcr_positive_daily.csv", parse_dates=['日付'])
locator = mdates.AutoDateLocator()
formatter = mdates.ConciseDateFormatter(locator)
fig, ax = plt.subplots()
ax.xaxis.set_major_locator(locator)
ax.xaxis.set_major_formatter(formatter)
ax.bar(df['日付'], df['PCR 検査陽性者数(単日)'], width=1, color='C1')
厚労省 COVID-19
厚労省 COVID-19

各地の状況

都道府県ごとにPCR検査件数(または検査人数)・陽性数が報告されているが,おのおの報告の基準が違うため,比較するのは困難である。推移を見るだけに留めたい。

けんもねずみ (kenmo_economics) さんのこちらのサイトでは公表されている全都道府県のグラフが見られる(不明日は線形補間してあることに注意)。データは都道府県別の検査数の公表状況(根拠URL付)からダウンロードできる。

厚労省も都道府県別のデータをPDFで公表するようになった。新型コロナウイルス感染症についてのページから「PCR検査実施人数(都道府県別)」「PCR検査総実施件数(都道府県別)」のような形でリンクされている。

東京都は都内の最新感染動向covid19-tokyo.netlify.com のCNAME)で情報提供を始めた。ソースはGitHubでオープンソースとして開発されている(https://github.com/tokyo-metropolitan-gov/covid19)。データは東京都オープンデータカタログサイトで公開されている。

上の東京都のソースを使った最新感染動向サイトが各地にできている(北海道神奈川県愛知県埼玉県三重県福岡市兵庫県など。最新のリストはHackMDにまとめられている)。

東京都

東京都の元情報は東京都防災ホームページ東京都福祉保健局から発信され,それをもとに都内の最新感染動向が作られているようだ。それらより早くマスメディアで毎日の感染確認者数が発表されるので,それをもとに COVID-tokyo.csv を作成している。そのグラフ:

東京

縦軸を対数目盛にしたもの:

東京

三重県

三重県はこちらからCSVでデータが提供されるようになった:

import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.dates as mdates
import pandas as pd

url = 'https://www.pref.mie.lg.jp/common/content/000896967.csv'
df = pd.read_csv(url, encoding='cp932', parse_dates=['日付'])
fig, ax = plt.subplots()
locator = mdates.AutoDateLocator()
formatter = mdates.ConciseDateFormatter(locator)
ax.xaxis.set_major_locator(locator)
ax.xaxis.set_major_formatter(formatter)
ax.bar(df['日付'], df['検査件数'], width=1)
ax.bar(df['日付'], df['陽性'], width=1)
ax.legend(['Negative', 'Positive'])
fig.savefig('COVID-mie.svg', bbox_inches="tight")
三重県

関連サイトへのリンク


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