感染研の超過死亡データ

国立感染症研究所感染症疫学センターの我が国における超過死亡の推定 2020年8月が出た。2通りのアルゴリズムで超過死亡を計算しているが,ここでは単純にグラフを描いて眺めてみよう。とりあえず東京:

import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

df = pd.read_csv("suppl3.csv",  parse_dates=['week_ending_date'], encoding="cp932")
tokyo = df[df['prefectureEN'] == 'Tokyo']
plt.plot(tokyo['week_ending_date'], tokyo['補正あり死亡数'])

y = np.array([t.year for t in tokyo['week_ending_date']])
d = np.array([t.dayofyear for t in tokyo['week_ending_date']])

plt.clf()
for i in range(2010, 2020):
    plt.plot(d[y == i], tokyo[y == i]['補正あり死亡数'], marker=f'${i % 10}$')
plt.plot(d[y == 2020], tokyo[y == 2020]['補正あり死亡数'], 'o-k')
plt.savefig('200901a.svg', bbox_inches="tight")

横軸は毎年1月1日を1とする日数である。

東京の超過死亡

2020年の100日目あたりにあるピークは4月19日に終わる週で,死亡数2498である。


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