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私も理解できている訳ではありませんが、

ptex-base.chを眺めていると、7630行目から
"@<Look ahead for glue or kerning@>" というところがあって、
問題の箇所"procedure make_ord"付近と似た処理が出てきます。
そこを見ると、
(インデントが削除されてしまって見にくくてすみません)

begin if op_byte(main_j)<kern_flag then
begin gp:=font_glue[main_f]; cur_r:=rem_byte(main_j);
if gp<>null then
begin while((type(gp)<>cur_r)and(link(gp)<>null)) do gp:=link(gp);
gq:=glue_ptr(gp);
end
else
begin gp:=get_node(small_node_size); font_glue[main_f]:=gp;
gq:=null;
end;
if gq=null then
begin type(gp):=cur_r; gq:=new_spec(zero_glue);
glue_ptr(gp):=gq;
main_k:=exten_base[main_f]+qi((qo(cur_r))*3);

となっています。
cur_rの型はptex.webを見ると、halfwordのようです。
それと同様であるとすると、3844行以下のmake_ordの方も以下のようになるべきのように思います。
procedure make_ord内では、rrはhalfwordと宣言されている(上記cur_rと同様)一方、rはpointerと宣言されいて合いません。

if op_byte(cur_i)<kern_flag then
begin gp:=font_glue[cur_f]; rr:=rem_byte(cur_i);
if gp<>null then begin
while((type(gp)<>rrr)and(link(gp)<>null)) do begin gp:=link(gp);
end;
gq:=glue_ptr(gp);
end
else begin gp:=get_node(small_node_size);
font_glue[cur_f]:=gp; gq:=null;
end;
if gq=null then
begin type(gp):=rrr; gq:=new_spec(zero_glue); glue_ptr(gp):=gq;
a:=exten_base[cur_f]+qi((qo(rr))*3);

試しに、ptex-3.1.10 + tetex3 (ptetex3なし) に上記の編集を施して、
rの初期化も消して試したところ、
本田さんのptexのサンプルはOKになりました。